Unterkirche
Die Unterkirche war ursprünglich für die Druckerei der Kongregation bestimmt. Erst Ende des 19. Jahrhunderts wurde der dreischiffige, einer Krypta ähnliche Raum zu einem Sakralraum umgestaltet.
Auf dem ehemaligen Hochaltar ist - wie schon an der Fassade - die Gottesmutter zu sehen. Durch Krone, Zepter und den Kranz von zwölf Sternen ist sie als Himmelskönigin dargestellt. Auf ihrem Knie steht ihr Sohn Jesus als Salvator mundi, der die Menschen von der Erbsünde erlöste. Auf der Vorderseite des Altars ist der Sündenfall Adams und Evas im Paradies dargestellt. Die Plastik wurde um 1925 von Franz Drexler geschaffen. Zu Füßen der Madonna halten zwei Engelputti die Wappenschilder der Stadt München und des Landes Bayern.
An den Wänden der Unterkirche stehen die vierzehn Stationen des Kreuzwegs Jesu. Die vollplastischen Figuren aus Lindenholz entsprechen dem barocken Kunstgeschmack. Sie wurden zwischen 1892 und 1898 von Hans Sprenger nach Modellen von Josef Elsner geschnitzt.
Im Jahr 1948 wurden die sterblichen Überreste des seligen Pater Rupert Mayer SJ Pater Rupert Mayer in die Bürgersaalkirche überführt und vor dem Altar der Unterkirche unter einer schlichten Grabplatte aus Rotmarmor beigesetzt. Seitdem ist dieser Raum zu einer Wallfahrtsstätte geworden, an der sich viele Münchener an das Wirken des Präfekten der Marianischen Männerkongregation erinnern und die Fürbitte des 1987 selig gesprochenen Männer-Apostels Münchens erflehen. Auch die beiden Päpste Johannes Paul II. und Benedikt XVI. haben an dieser Stelle schon durch Fürsprache des Seligen Trost und Stärkung erbeten.
2003 wurde für die Grabstätte P. Rupert Mayers ein Altar mit Tabernakel und Ambo auf kubusförmigen, lichten Gestellen aus poliertem Messing vom Künstlerehepaar Hannah und Toni Stegmayer aus Kiefersfelden geschaffen.
An der rechten Seitenwand der Unterkirche steht die Bronze-Büste Pater Rupert Mayers von Barbara v. Kalckreuth, die eine besondere Verehrung durch die vielen Gläubigen und Pilger findet. Durch unzählige Berührungen des rechten Schulterbereichs der Büste des Seligen entstand eine stark abgeriebene und polierte Fläche.
Hinter dem Altar befindet sich seit Juli des Jahres 2008 ein Museumsraum mit Erinnerungsstücken an diesen Seligen Pater Rupert Mayer SJ, der hinter dem Hochaltar der Unterkirche über das Leben und Wirken des Seligen erinnern und informieren soll. Ebenfalls in den neuen Museumsraum sind Vitrinen integriert, in denen verschiedene Kultgeräte, Gnadenbilder und Kunstwerke der Kongregation (Günthers Schutzengel).
Links vom Eingang der Unterkirche sind Szenen einer „Jahreskrippe" zu sehen, die der Krippenschnitzer Theodor Gämmerler nach 1945 für die Bürgersaalkirche schuf.